У меня тоже была похожая ситуация: пока делали ремонт в новой квартире переехали в съемную : так моя кошка с испугу написала, а пол был покрыт ковролином ,а под ним фанера. Я перечитала много советов, испробовала кучу разных средств и народных (хлорка, уксус) и химических: не помогло ничего! Запах стал просто менее интенсивным, но смешался с запахом самих средств. Кошачьи метки очень едкие, у них какой то особый состав и при обработке средствами удаляется только малая часть меток, а основа остается.
Вычитала в интернете про средство "ОДОРГОН", (их много- для разных целей), у нас в питере его продает одна фирма (представитель производителя), по отзывам: хорошо помогает от кошатины, но я его куптиь и испробовать не успела, т.к мы переехали.
Ну или 100% надежный способ: все же сменить доски.